天亮之后，贝纳尔卡萨尔带领部队进到了里奥班巴城。但是鲁米纳维带着逃亡的士兵根本没在这里停留，直接逃往基多城。所以，西班牙人也没有在城里停留，便快马加鞭地朝着基多追去。

第三天上午时分，西班牙人终于来到了基多城。但是，这里并不想他们想像的那样富庶与美好。因为展现在他们眼前的这个城市到处都是浓烟和烈火。特别是王宫大殿四周更是火海一片，熊熊燃烧的大火几乎把半个天空都映红了，浓烟随风飘去，整个市区就象被浓雾弥漫着，几步之外不辩人马。而且，大火随着风势越烧越旺越烧越烈，根本无法阻挡和熄灭。所以，西班牙人只能远远地看着一片片房屋在烈火中化为灰烬，却一点方法也没有。

大火烧了三天三夜，才慢慢地熄灭。西班牙在遍步着灰烬和瓦砾的城中到处清查和搜寻，却是毫无所获。幸好王宫的古塔仍然保存完好，因为整个古塔都是用巨大的石块建筑的，未被大火焚烧。他们进入古塔，古塔里空空荡荡，一个摆放着印加王木乃伊的石台被人掀翻在地，而那个木乃伊也已被打成碎片，散落在地面上。有人很快就认了出来这是阿塔瓦尔帕的木乃伊。这位为了保全身子而违心地皈依基督，以好在死后仍能过着国王般的奢华生活的印加王，最后还是落了个粉身碎骨的结局。

在占领一座被焚烧后的空城之后，贝纳尔卡萨尔还是让士兵们把西班牙国王的旗帜插在了王宫的古塔上，并把这座城市命名为圣弗朗西斯科德基多，以纪念他的首领和将军弗朗西斯科·皮萨罗。然后，他让部队在靠近城郊的一片王公贵族的大院里驻扎下来，然后，便带领士兵们一边搜寻黄金，一边清除着鲁米纳维的残余。可是，黄金早就被王公贵族和市民们带走或是藏匿起来，而鲁米纳维也带着残兵败将逃到离基多城很远的深山老林之中躲藏起来了。这让贝纳尔卡萨尔上尉感到非常沮丧和失望。可是，就在这时，有人来报说他的上级军官阿尔马格罗将军已经到达里奥班巴，要他马上赶去拜见。

此时，阿尔马格罗正在里奥班巴的那片刚刚结束过一场生死决战的平原战场上，与那支在高山雪原的九死一生中走过来的西班牙远征军相遇。那么，远在数千公里之外的库斯科京城的阿尔马格罗为什么会千里迢迢地赶到里奥班巴，并与阿尔瓦拉多的部队相遇呢？

原来，在阿尔瓦拉多率领部队从加拉克斯海湾登陆后，就有人把这个消息报告给远在库斯科城的皮萨罗侯爵。对有另一支远征军侵入他的领地，这位未来的总督非常地震惊，即使一支数万人的印第安大军突然地把他们包围起来也不会让他感到如此地震惊。因为他知道这支新登陆的西班牙军队不仅数量与他们相当，而且在马匹与武器方面都略略占优。于是，他当即命令阿尔马格罗率一支骑兵分队日夜兼程赶往圣米格尔，好与贝纳尔卡萨尔先前率领的140多人的部队会合，然后前去抗击或赶走那支突然侵入这里的西班牙军队。

阿尔马格罗从库斯科日夜兼程，风尘仆仆地赶路。但整个沿途到处都有基斯基斯部队的散兵游勇和小股部队。虽然基斯基斯被他的部下杀了，但他的士兵成队结伙地撒满了整个沿途，并不断地骚扰和袭击着过往通行的西班牙部队。

阿尔马格罗几乎是三天一小战，五天一大战，因为要赶路，又不敢在途中停留，所以，边打边走，走走打打，一两千公里的路程走了四五个星期，才赶到了圣米格尔。可是，圣米格尔的人说贝纳尔卡萨尔就没有把部队带回这里，而是率部攻打基多去了。

阿尔马格罗非常地恼怒，他怀疑贝纳尔卡萨尔居然如此大胆地违抗军令，擅自率部攻打基多，肯定是怀有很重的个人目的和私欲。于是，他一怒之下，便带着部队连夜朝着基多方面继续赶路，好尽快地赶上贝纳尔卡萨尔带领的部队，要对严重违抗军令的贝纳尔卡萨尔进行严厉处置。

由于通往基多的路途比较平坦，阿尔马格罗要求部队采取急行军的方式朝前赶路，所以，只用两个星期的时间就赶到了里奥班巴城。此时，他已听说那支西班牙远征军刚刚从雪山高原走下来，正在离里奥班巴不远的地方进行休整。于是，他决定在此等待着那支部队的到来。

贝纳尔卡萨尔带着部队很快就从基多赶到了里奥班巴，并在一间高大的王公大宅里拜见了自己的上司阿尔马格罗。